ในทศวรรษที่สาม (พ.ศ. 2531-2540) นับว่าเป็นทศวรรษที่มีอัตราการขยายตัวและเจริญเติบโตของอุตสาหกรรมอาหารแช่เยือกแข็งมากที่สุด มีการขยายตลาดไปยังกลุ่มประเทศยุโรปเพิ่มขึ้น นอกเหนือจากตลาดหลักคือ ประเทศญี่ปุ่น และสหรัฐอเมริกา ขณะเดียวกันก็เริ่มมีการแข่งขันที่รุนแรงเพิ่มมากขึ้น รวมทั้งกฎระเบียบการค้าที่ให้ความสำคัญกับคุณภาพการผลิตและคุณภาพของสินค้ามากยิ่งขึ้น เพื่อความปลอดภัยของผู้บริโภค มีการนำระบบ HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) มาใช้ในกระบวนการผลิต มีการสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับผลิตภัณฑ์ การพัฒนารูปแบบของผลิตภัณฑ์ การรวมกลุ่มสมาชิกเป็น NASEG (North America Shrimp Exporter Group) เพื่อต่อรองค่าระวางเรือ และในยุคนี้ได้มีการเปลี่ยนชื่อสมาคมฯ เป็น “สมาคมอาหารแช่เยือกแข็งไทย” ซึ่งใช้เรื่อยมาจนปัจจุบัน แม้ในตอนท้ายของทศวรรษนี้ประเทศไทยจะประสบปัญหาวิกฤตเศรษฐกิจจากการลดค่าเงินบาท แต่ก็เป็นโอกาสให้กับการส่งออกผลิตภัณฑ์อาหารแช่เยือกแข็งของไทยที่สามารถนำรายได้เข้าประเทศได้เพิ่มมากขึ้น

ในทศวรรษที่สี่ (พ.ศ. 2541-2550) สมาคมฯ ได้ช่วยเหลือสมาชิกจากกรณีถูกไต่สวนกรณีทุ่มตลาด (Antidumping) เนื่องจากการเป็นผู้ส่งออกกุ้งรายใหญ่เข้าประเทศสหรัฐอเมริกา มีการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนพ่อพันธุ์แม่พันธุ์กุ้ง ขณะที่อุตสาหกรรมอาหารทะเลแช่เยือกแข็งยังคงเป็นอุตสาหกรรมที่นำรายได้เข้าประเทศเป็นอันดับหนึ่ง สมาคมฯ จึงได้กำหนดกลยุทธ์ 3 ด้าน ได้แก่ ด้านมาตรฐาน ด้านคุณภาพ และด้านสิ่งแวดล้อม โดยกำหนดวิสัยทัศน์ไว้ว่า “ประเทศไทยเป็นผู้นำในอุตสาหกรรมอาหารแช่เยือกแข็งของโลก โดยคำนึงถึงคุณภาพ มาตรฐาน และสิ่งแวดล้อม” มีการพัฒนาเทคโนโลยีในการแช่เยือกแข็ง มีการควบคุมปริมาณสารปนเปื้อน มีการสร้างมาตรฐานสุขอนามัยตลอดห่วงโซ่อุปทาน เพื่อให้เกิด Food Safety การนำระบบ GMP (Good Manufacturing Practice) และ HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point) มาใช้ในกระบวนการผลิต เน้นยุทธศาสตร์การทำงานเชิงรุก เพื่อผลักดันประเทศไทยสู่การเป็นครัวโลก และเพื่อให้บรรลุตามวิสัยทัศน์ที่กำหนดไว้

ในทศวรรษที่ห้า (พ.ศ. 2551-2560) นับว่าเป็นทศวรรษที่อุตสาหกรรมอาหารแช่เยือกแข็งของไทยต้องเผชิญกับปัญหาทั้งจากปัจจัยภายในประเทศและภายนอกประเทศ เช่น ปัญหาโรคกุ้งตายด่วน (EMS; Shrimp Early Mortality Syndrome) ทำให้ขาดแคลนวัตถุดิบ ความเข้มงวดจากการห้ามนำเข้าสินค้าที่ผลิตจากแรงงานเด็ก และแรงงานบังคับของประเทศคู่ค้า การต้องปฏิบัติตามกฎระเบียบ IUU ที่มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2553 เป็นต้น สมาคมฯ จึงต้องแสดงบทบาทในการแก้ปัญหาต่าง ๆ รวมทั้งสนับสนุนให้สมาชิกปฏิบัติให้เป็นไปตามกฎกติกาของสากลทั้งในเรื่องแรงงาน การปฏิบัติตามกฎระเบียบ IUU การพัฒนาสถานประกอบการแปรรูปสัตว์น้ำเบื้องต้น (ล้ง) ให้เป็นไปตามข้อบังคับด้านสุขอนามัยของสหภาพยุโรป การแก้ปัญหาผลกระทบจากการระบาดของโรคตายด่วน (EMS) ในกุ้ง การให้ความร่วมมือกับภาครัฐในการแก้ปัญหาการใช้แรงงานเด็ก แรงงานบังคับ และการค้ามนุษย์ การจัดทำแนวทางการปฏิบัติที่ดีด้านแรงงาน (GLP; Good Labour Practices) ตามมาตรฐานขององค์การแรงงานระหว่างประเทศ (ILO; International Labour Organization) การจัดทำแผนแม่บท และการรณรงค์การทำการประมงอย่างยั่งยืนให้กับสมาชิก และผู้เกี่ยวข้อง การให้ความร่วมมือทางด้านการค้า และการประมงกับประเทศเพื่อนบ้าน การให้ความร่วมมือกับภาครัฐในการแก้ไขปัญหาวิกฤตการขาดแคลนแรงงาน การให้ความร่วมมือกับภาครัฐและหอการค้าไทยในการส่งเสริมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ และการรับซื้อผลผลิตจากเกษตรกรในรูปแบบเกษตรแปลงใหญ่ภายใต้เครือข่ายประชารัฐ เป็นต้น

ในทศวรรษที่หก (พ.ศ. 2561 เป็นต้นไป) สมาคมฯ ยังคงมีความมุ่งมั่นที่นำพาสมาชิกและอุตสาหกรรมอาหารแช่เยือกแข็งของไทยพัฒนาอุตสาหกรรมให้เข้มแข็ง ก้าวไกล อย่างไม่หยุดยั้ง ด้วยการส่งเสริมสนับสนุนให้สมาชิกนำเทคโนโลยีและนวัตกรรม มาใช้ให้เป็นประโยชน์แก่อุตสาหกรรมนอกเหนือจากการสร้างมูลค่าเพิ่ม (Value Added) ยังต้องสร้างรูปแบบผลิตภัณฑ์ใหม่ๆ ในกลุ่มสินค้าที่เรียกว่า Composite Foods ให้สอดคล้องกับกรอบยุทธศาสตร์การพัฒนาประเทศ 20 ปี และไทยแลนด์ 4.0 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการขับเคลื่อนเศรษฐกิจของประเทศชาติให้เข้มแข็ง แข็งแกร่ง ตั้งแต่ระดับเศรษฐกิจฐานรากจนถึงระดับประเทศ และเพื่อให้บรรลุวิสัยทัศน์ของสมาคมฯ ในการเป็นผู้นำอุตสาหกรรมอาหารแช่เยือกแข็งและเป็นครัวของโลกต่อไป